南华寺有中国“佛教祖庭”之称，是因为慧能创立的禅宗才真正使佛教在中国普及，寺庙的六祖殿是南华寺现存最古老的建筑，始建于明代，清代及1933年均有修缮过。目前中国的寺庙有90%都是属于禅宗的，所以南华寺才会有“祖庭”之称。
其实，佛教最初从印度传过来时，并不是很受欢迎，因为它的许多思想和习俗与我们传统的世俗文化格格不入，更不用说普及，曾几传几灭。如，印度佛教讲究出世，而儒家传统一直讲究入世；印度佛教需要抛家弃子、入山修行，而儒家重视孝敬父母、慈爱子孙，所以中国佛教可以在家修行；印度佛教强调布施及求施，僧侣都是不事生产、以乞讨为生，而中国人却认为勤劳是美德，所以我们的僧人都自己种地种菜；印度佛教强调苦修，中国佛教却与儒家教导相结合，讲究智慧、顿悟，所以一部《金刚般若经》在中国流传最广，“般若”的意思就是智慧。这一切的不同都是源自一个人，他就是慧能，是他使佛教中国化，使佛教成为中国上层社会许多文化人都可接受的思想，并在其中像苏东坡、白居易、范仲淹这样的大家都深爱精研的一种文化。
慧能和尚自身有着传奇色彩。据说他原本是个连字都不识的人，但天生有慧根，一天他到市上去卖柴，听到有人诵经，就忽然有所感悟，于是决定出家去当和尚。后来，他学成得了衣钵，在光孝寺正式剃度后不久就来到了南华寺，一住就是36年，在这里创立了禅宗南派，对与中国传统的伦理观念不相适应的印度佛教给予系统的改造，使佛教真正完成了中国化的过程。由他徒弟法海等人记录整理出的《坛经》，至今保存在南华寺，它不仅是中国第一部，也是唯一一部中国人写的佛经，而且是一部自成体系的学术思想著作。
晚年慧能曾返回故乡新兴落叶归根，并于那里的国恩寺中圆寂，享年76岁。他圆寂后光教、南华、国恩三座寺庙迎法体，举行了一次公开的焚香祈祷仪式，烟飘向哪里法体即供奉在哪里，结果烟直直飘向了南华寺方向，最后众人顺应他的意愿，将法体迎归南华寺。现在的南华寺的六祖殿中保存着慧能的“真身。”
说起“真身”，原本佛教徒都是遵照天竺葬法进行火葬的，但这也与中国传统丧葬习俗观不符，认为被烧为灰烬、挫骨扬灰是非常可怕的事，所以在古代社会非常难接受。早在圆寂的前一年，六祖慧能就逐渐少吃少喝，直至不吃不喝把体内的养分和水分消耗殆尽。待圆寂后其弟子按照其生前嘱托在他身上涂抹加了香粉的生漆，一层一层的，形成5-6毫米厚的漆壳，只留一个小孔，然后密封在两个对合的大缸之中，座下有生石灰和木炭用来吸湿，最后变成有六祖生前容貌的“真身”。
六祖慧能在南华寺传授禅法37年，得法弟子43人，传播全国各地，后来形成河北临济、湖南沩仰、江西曹洞、广东云门、南京法眼五宗，即所谓一花五叶，并远传韩国、泰国、日本、欧美等国家，每年都有大批国外的佛教教徒前来南华寺朝拜，故华南寺有“祖庭”之称。